De vlag van Panama is rood, wit en blauw, verdeeld in vier kwartalen met twee witte rechthoeken - een blauwe en een rode. Ofwel witte rechthoek heeft een enkele ster, blauw linksboven, rood rechtsonder. Elke kleur is symbolisch in de manier waarop het een belangrijk element voor het Panamese leven vertegenwoordigt.

Het wit in de vlag staat voor vrede. De blauwe ster staat symbool voor puurheid en eerlijkheid en vertegenwoordigt ook de conservatieve partij. De rode ster staat voor autoriteit en recht en vertegenwoordigt ook de liberale partij van Panama.

De eerste president van Panama, Manuel Amador Guerrero, accepteerde de eerste vlag die in 1903 werd ontworpen niet. Deze bestond uit 13 horizontale rode en gele strepen, met een blauw kanton met twee gouden zonnen. Een smalle lijn vertegenwoordigde de oceanen die zich verenigden via het Panamakanaal.

Hoewel het werd geweigerd, ontwierp de vrouw van Philippe-Jean Bunau-Varilla dat allereerste voorstel voor een Panamese vlag. Ze had zich laten inspireren door de vlag van de Verenigde Staten, met elementen die andere landen eren, zoals 13 strepen voor de VS en het gebruik van de kleur geel voor de connectie van Panama met Colombia en Spanje, waarvan de vlaggen zowel rood als geel prominent aanwezig zijn. Ze verving de sterren in het blauwe kanton door twee onderling verbonden zonnen om Noord- en Zuid-Amerika te vertegenwoordigen.

Ondanks de zware symboliek van het vlagontwerp van Madame Bunau-Varilla, werd het afgewezen omdat het te veel op de Amerikaanse vlag leek. In plaats daarvan ontwierp de familie van de president de nieuwe vlag. Eerst maakte zijn zoon Manuel Encarnacion Amador, een erkend en getalenteerd kunstenaar, een schets die hij vervolgens gaf aan Panama's eerste First Lady, Maria de la Ossa de Amador. Ze maakte de vlag van Panama op 1 november 1903, hoewel het maken van de vlag niet zonder problemen was vanwege de noodzaak om het Colombiaanse leger te vermijden.

Vlaggendag wordt elk jaar gevierd op 4 november, de dag na de scheiding van Panama van Colombia.